臭氧对GMP消毒车间应用日趋广泛，现在最成熟的安装方式是：外置式臭氧发生器，通过管路把臭氧通到送风管内，通过HVAC系统把臭氧带入整个车间，达到消毒空气、管道和设备的目的。使用臭氧进行GMP消毒无二次污染，对各种细菌、病毒包括霉菌都有良好的杀灭作用而受到用户好评。
GMP消毒洁净室的通风系统耗费巨大能源，特别是通风系统的风扇、夏天致冷和除湿以及冬天加热和加湿用蒸汽。因此，一直就有这个问题：是否可以在晚上或不用的时候关闭房间的通风，以节约能源？
一般不建议完全关闭通风系统，事实上建议不要这样做。设施、压力条件、微生物，在此期间所有东西都会不受控制。这会让之后的恢复车间内GMP符合状态所需的措施非常复杂，因为每次都要做再确认，来达到正常的GMP符合状态。
但是，可以降低通风系统的功率（通过减少通风系统的功率来减少换气量），已经有一些公司在这么做了。不过在重新使用洁净室之前还是必须达到GMP符合状态，并且该程序必须经过验证。